Das Baptisterium geht vermutlich auf das Ende des 4. bzw. den Anfang des 5.Jh.s zurück, wurde jedoch im Laufe der Zeit mehrmals umgebaut. Das Taufbecken im Innenraum diente für die zur damaligen Zeit übliche Taufe durch Untertauchen.
An der Nord- und Südseite des Baptisteriums befanden sich zwei rechteckige Hallen mit Mosaiken, die möglicherweise für die Vorbereitung der Katechumenen dienten. Heute ist die Südhalle des Baptisteriums in ein Museumsgebäude integriert: es wurde speziell errichtet, damit die Besucher den herrlichen Mosaikboden besser betrachten können, ebenso wie das wertvolle „Pfauenmosaik“. Es schmückte ursprünglich die Apsis des Narthex, ein langer Gang, der vom Baptisterium in die Basilika führte.
